Một số đối thủ chính trị của Hun Sen trong quá khứ đã cố gắng buộc tội ông là một con rối của Việt Nam.[20] Điều này là do vị trí của ông trong chính phủ do Việt Nam dựng lên khi Campuchia nằm dưới sự chiếm đóng của quân đội Việt Nam và thực tế ông là một nhân vật nổi bật trong Đảng Cách mạng Nhân dân Campuchia (nay là Đảng Nhân dân Campuchia), mà cai trị Campuchia như một nhà nước độc đảng dưới sự chiếm đóng của quân đội Việt Nam từ năm 1979 cho đến bầu cử năm 1993. Hun Sen và những người ủng hộ ông bác bỏ các cáo buộc như vậy, nói rằng ông chỉ đại diện cho người dân Campuchia.

Chính phủ của Hun Sen đã chịu trách nhiệm việc cho thuê 45% tổng diện tích đất ở Campuchia, chủ yếu cho các nhà đầu tư nước ngoài, trong những năm 2007-08, làm hơn 150.000 người Campuchia bị đe dọa trục xuất. Một phần của các nhượng bộ là các khu vực hoang dã được bảo vệ hoặc các công viên quốc gia,[44] và việc bán đất đã được các nhà quan sát coi là tham nhũng của chính phủ. Đã có hàng ngàn công dân trở thành nạn nhân của các vụ trục xuất này.[45]

Hun Sen có liên quan đến tham nhũng tài nguyên dầu mỏ và tài nguyên khoáng sản của Campuchia trong báo cáo Global Witness 2009 về Campuchia. Ông và các cộng sự thân cận của mình bị cáo buộc thực hiện các cuộc đàm phán bí mật với các bên tư nhân quan tâm, lấy tiền từ những người được cấp quyền khai thác tài nguyên của đất nước này. Độ tin cậy của lời buộc tội này đã bị thách thức bởi các quan chức chính phủ và đặc biệt là từ chính Thủ tướng Hun Sen.[46]

Đảng Nhân dân Campuchia (CPP) của Hun Sen đã ra lệnh cấm các cuộc tụ họp công cộng, đuổi những người ủng hộ phe đối lập từ địa điểm của các cuộc họp biểu tình trước đây ra khỏi 'Công viên Tự do', và triển khai cảnh sát chống bạo động để đánh đập những người biểu tình và giam giữ các nhà lãnh đạo liên minh.[47]